Протягом дії системи електронного адміністрування ПДВ у тестовому режимі (до 1 липня 2015 року або до дати, визначеної в окремому рішенні Верховної Ради України про скорочення терміну перехідного періоду) платники податку самостійно зараховують на електронні рахунки кошти з власних поточних рахунків, у сумах, необхідних для сплати до бюджету узгоджених податкових зобов'язань з цього податку, задекларованих ними в податковій звітності з ПДВ.
Після закінчення тестового режиму для реєстрації податкових накладних в ЄРПН платник податку повинен мати достатню суму податкового кредиту, підтверджену зареєстрованими в ЄРПН "вхідними" податковими накладними, сплатою ПДВ при імпорті товарів та (за недостатності таких сум) коштами на його рахунку у системі електронного адміністрування ПДВ.
З 1 липня 2015 року на рахунки в системі електронного адміністрування ПДВ платники податку зараховують кошти у сумах, необхідних для збільшення розміру суми, що надає право для реєстрації в ЄРПН податкових накладних/розрахунків коригування.
Поповнення електронного рахунка платника ПДВ за рахунок інших джерел, наприклад, з поточних рахунків інших осіб, не передбачено.
Роз‘яснення щодо застосування системи електронного адміністрування ПДВ наведені у листі ДФС України від 19.01.2015 р. № 1403/7/99-99-19-03-01-17.