Згідно з п.п. «г» п. 198.5 ст. 198 Податкового кодексу України (далі – ПКУ), якщо товари/послуги, необоротні активи починають використовуватися в операціях, що не є господарською діяльністю платника податку, то такий платник податку зобов’язаний нарахувати податкові зобов’язання. Також скласти не пізніше останнього дня звітного (податкового) періоду і зареєструвати в Єдиному реєстрі податкових накладних в терміни, встановлені ПКУ для такої реєстрації, відповідні податкові накладні за товарами/послугами, необоротними активами, під час придбання або виготовлення яких суми податку були включені до складу податкового кредиту.
При здійсненні операцій відповідно до п. 198.5 ст. 198 ПКУ база оподаткування за необоротними активами визначається виходячи з балансової (залишкової) вартості, що склалася станом на початок звітного (податкового) періоду, протягом якого здійснюються такі операції (у разі відсутності обліку необоротних активів - виходячи із звичайної ціни), а за товарами/послугами - виходячи з вартості їх придбання (п. 189.1 ст. 189 ПКУ).
Враховуючи наведене, якщо при інвентаризації платником податку встановлений факт недостачі товарів, основних засобів, при придбанні яких був сформований податковий кредит, то у зв’язку з тим, що такі товари, основні засоби використані не у господарській діяльності, платник податку повинен нарахувати податкові зобов’язання, незалежно від того чи встановлено винних осіб та чи стягуються з таких осіб втрати.
При цьому, відшкодування заподіяних втрат винними особами, не призводить до додаткового виникнення податкових зобов’язань з ПДВ.