ДФСУ у листі від 25.08.2015 р. № 31376/7/99-99-15-01-04-17 роз'яснила, що штрафні санкції та пеня за порушення строків, установлених ПКУ для самостійної сплати податкових зобов’язань з ПДВ, не застосовуються за умови наявності у такі строки коштів на рахунках платників у СЕА ПДВ у сумах, достатніх для сплати узгоджених податкових зобов’язань з ПДВ до бюджету або на спеціальні рахунки платників - сільськогосподарських підприємств, що обрали спеціальний режим.
У випадку нарахування протягом перехідного періоду СЕА ПДВ (з 01.02.2015 по 01.07.2015) вказаних штрафних санкцій, вони підлягають списанню контролюючим органом за місцем реєстрації платника ПДВ протягом 14 робочих днів.