Міндоходів у листі від 08.07.2014 року № 13738/5/99-99-19-04-02-16 повідомило, що презумпція правомірності рішення платника податків має місце у разі, коли норма закону чи іншого нормативно-правового акта, виданого на підставі закону, або якщо норми різних законів чи різних нормативно-правових актів припускають неоднозначне (множинне) трактування прав та обов'язків платників податків або контролюючих органів, внаслідок чого є можливість прийняти рішення на користь як платника податків, так і контролюючого органу.
При цьому питання про наявність суперечностей між актами законодавства однакової юридичної сили має вирішуватись виходячи із загальновизнаних принципів права, згідно з якими спеціальний акт має переважну силу над загальним, а прийнятий пізніше - над попереднім.
Застосування вказаного принципу презумпції правомірності може мати місце після завершення перевірки контролюючим органом платника податків та складання в установленому порядку акта такої перевірки.
Зазначене обумовлено тим, що в ході перевірки платника податків орган доходів і зборів не приймає обов'язкових для платника податків рішень, а лише здійснює вивчення діяльності підприємства, а у випадку виявлення порушень вимог законодавства фіксує їх в акті перевірки.
Рішення, які приймаються органами доходів і зборів на підставі акта перевірки, мають прийматися з дотриманням принципу презумпції правомірності.
У випадку оскарження платником податку рішення податківців, прийнятого на підставі акта перевірки, застосування принципу презумпції правомірності також передбачено. Так, якщо норми одного і того ж нормативно-правового акта суперечать між собою та припускають неоднозначне (множинне) трактування прав та обов'язків платників податків або контролюючих органів, внаслідок чого є можливість прийняти рішення на користь як платника податків, так і контролюючого органу, рішення приймається на користь платника податків.