Підставою для внесення до Реєстру запису про відміну анулювання реєстрації, що відбулась за ініціативою органу Міндоходів, є рішення суду, яке набрало законної сили, або рішення органу Міндоходів про скасування рішення про анулювання реєстрації платника ПДВ під час адміністративного оскарження. Рішення із копіями відповідних документів направляються до Міністерства доходів і зборів України для внесення відповідних змін до Реєстру.
У разі відміни рішення про анулювання реєстрації, якщо інше не визначено судовим рішенням, орган Міндоходів видає платнику ПДВ нове Свідоцтво (за новим номером) замість старого Свідоцтва на підставі реєстраційної заяви з позначкою ”Перереєстрація” та рішення про відміну анулювання реєстрації. При цьому дата реєстрації платником ПДВ не змінюється, а датою початку дії нового Свідоцтва та датою анулювання старого Свідоцтва є дата внесення відповідного запису до Реєстру.