Міндоходів наказом від 17.01.2014 р. №41 затвердило Порядок взаємодії структурних підрозділів органів доходів і зборів у процесі розгляду скарг платників податків на рішення органів доходів і зборів щодо визначення сум грошового зобов'язання.
Згідно з порядком, попередній аналіз скарги проводить підрозділ адміністративного оскарження. Під час такого аналізу підрозділ адміністративного оскарження з'ясовує:
- наявність обставин, встановлених законодавством, для залишення скарги платника податків без розгляду та/або її повернення платнику податків;
- якими доказами платник податків підтверджує свої доводи та чи відображені в акті перевірки обставини, на які в скарзі посилається платник податків;
- які обставини встановлені перевіркою та якими доказами вони підтверджуються.
При перевірці скарги платника податків на рішення ДПІ, донарахування грошового зобов'язання в яких пов'язане з відпрацюванням платників податків, віднесених до ризикової групи суб'єктів господарювання, обов'язковим є:
1) оцінка визначення в акті перевірки ланцюга, за яким здійснювалось постачання товарів (робіт, послуг);
2) оцінка відповідності висновків акта перевірки щодо застосування податково-правових доктрин;
3) оцінка висновків, викладених в акті перевірки щодо непідтвердження фактів здійснення особами господарської операції.
При розгляді скарги платника податків має враховуватись позиція органу доходів і зборів, який виніс оскаржуване рішення.
Якщо матеріали справи свідчать, що позицію органу доходів і зборів з порушених в скарзі питань визначено в неповному обсязі, а також при відсутності документів, необхідних для об'єктивного розгляду скарги, підрозділ адміністративного оскарження направляє запит до органу доходів і зборів нижчого рівня.
Орган доходів і зборів нижчого рівня надає свій висновок та відповідні документи у строки, вказані в листі органу доходів і зборів, який розглядає скаргу.
Електронні копії документів, які були вказані в запиті, та висновок заносяться до бази АІС "Скарга" та направляються засобами електронного зв'язку на адресу органу доходів і зборів, який розглядає скаргу.