Податкова накладна є податковим документом і одночасно відображається у податкових зобов’язаннях та Реєстрі виданих податкових накладних продавця та Реєстрі отриманих податкових накладних покупця.
Органи ДПС за даними реєстрів виданих та отриманих податкових накладних, наданих в електронному вигляді, повідомляють платника податку про наявність у таких реєстрах розбіжностей з даними контрагентів. Платник протягом 10 днів після отримання такого повідомлення має право уточнити податкові зобов’язання без застосування штрафних санкцій, передбачених розділом II ПКУ.
Водночас згідно з п. 201.10 ст. 201 ПКУ відсутність факту реєстрації платником податку — продавцем товарів/послуг податкових накладних в Єдиному реєстрі податкових накладних та порушення порядку заповнення податкової накладної не дають права покупцю на включення сум ПДВ до податкового кредиту та не звільняють продавця від обов’язку включення суми ПДВ, зазначеної у податковій накладній, до суми податкових зобов’язань за відповідний звітний період.