Налоговым кодексом определено, что операции по выпуску, размещению и погашению ценных бумаг субъектами предпринимательской деятельности за денежные средства не являются объектом налогообложения.
Если субъект хозяйствования в своей деятельности использует как облагаемые, так и необлагаемые операции, то он должен определить часть использования приобретенных товаров (услуг) и необоротных активов налогооблагаемых операциях для целей формирования налогового кредита.
Операции, не являющиеся объектом обложения НДС, отражаются в строке 3 раздела I декларации по НДС.
Как отмечают налоговики, при определении объема поставки товаров/услуг за отчетный период плательщик обязан учитывать значение термина "поставка товаров" и значение термина "поставка услуг". И операции плательщиков НДС по выпуску облигаций под это определение не попадают.
Поскольку облигации на этапе выпуска и погашения не определяются как товары/услуги, то оснований отражения объема привлеченных средств в строке 3 декларации нет и, следовательно, распределять налоговый кредит с учетом таких операций не нужно.
Письмо Миндоходов от 27.02.2014 г. №3851/6/99-99-15-03-01-15.