Порядок укладання Договору про визнання електронних документів між платниками податків та контролюючими органами визначено Інструкцією з підготовки і подання податкових документів в електронному вигляді засобами телекомунікаційного зв'язку, затвердженої наказом ДПА України від 10.04.2008 р. № 233. За цим порядком платник здійснює формування та подання податкових документів в електронному вигляді із застосуванням спеціалізованого програмного забезпечення, засобу КЗІ, на підставі укладеного Договору з органом ДФС за основним місцем обліку, який надає право подавати електронні документи до будь-якого органу ДФС, в якому такий платник перебуває на обліку.
Текст примірного Договору визначено у додатку 1 до Інструкції.
Платник надсилає Договір засобами електронного зв'язку відповідно до затвердженого формату з дотриманням умови щодо реєстрації електронного підпису підзвітних осіб. На Договір накладаються посилені сертифікати відкритих ключів посадових осіб, що мають право підпису (керівника, бухгалтера, печатки (за наявності)), здійснюється шифрування документа в електронному вигляді та направлення його до органу ДФС за основним місцем обліку.
Після надходження Договору в електронному вигляді автоматизованою системою ДФС проводиться його розшифрування, здійснюються перевірки електронних цифрових підписів, відповідності електронного документа затвердженому формату, даних директора, в особі якого укладається Договір, даним Єдиного державного реєстру юридичних осіб, фізичних осіб - підприємців та громадських формувань. За результатами таких перевірок формується перша квитанція про збереження документа. За результатами розгляду Договору органом ДФС платнику направляється друга квитанція.
Договір набирає чинності з моменту його підписання Сторонами та діє до закінчення строку чинності посилених сертифікатів відкритих ключів. Якщо платник подає до органу ДФС нові посилені сертифікати ЕЦП, цей договір вважається пролонгованим до закінчення терміну чинності нових посилених сертифікатів ключів.