В письме от 18.05.2012г. №2956/10/06-406 Государственная налоговая служба в городе Киеве разъяснила, в частности, что в соответствии с Законом Украины «О транспортно-экспедиторской деятельности» экспедиторы для выполнения поручений клиентов могут заключать договоры с перевозчиками, портами, авиапредприятиями, судоходными компаниями и т.д., которые являются резидентами или нерезидентами Украины. При этом в плату экспедитора не включаются его расходы на оплату услуг (работ) других лиц, привлеченных для выполнения договора транспортного экспедирования, на уплату сборов (обязательных платежей). На этом основании налоговый орган приходит к выводу, что в базу налогообложения НДС не включаются расходы, понесенные экспедитором на оплату услуг по перевозке грузов на таможенной территории Украины.
Также, по мнению ГНС в г. Киеве, на экспедиторе лежит обязанность выписать заказчику налоговую накладную исходя из стоимости оказанных такому заказчику услуг (полученного вознаграждения). В то же время по полученной налоговой накладной от перевозчика экспедитор не имеет права на формирование налогового кредита. Полученная налоговая накладная от перевозчика отражается экспедитором в строке 14 раздела II «Налоговый кредит» налоговой декларации по НДС.