Відповідно до п. 9 Порядку ведення Єдиного реєстру податкових накладних, затвердженого постановою КМУ від 29 грудня 2010 року №1246, можливості реєстрації в Єдиному реєстрі двох податкових накладних з однаковими реквізитами немає. Платник податку у разі реєстрації податкової накладної, що містить помилкові показники, повинен скласти нову податкову накладну з новим номером та зареєструвати її в Єдиному реєстрі. Податкова накладна, що містить помилкові показники, вилученню з Єдиного реєстру не підлягає.
Крім того, оскільки податкова накладна, що містить помилкові показники, не вважається податковим документом, то до неї не може бути виписано розрахунок коригування, але вона не підлягає вилученню з реєстру виданих податкових накладних продавця та не може бути включена до реєстру отриманих податкових накладних покупця.
Наявність в Єдиному реєстрі податкової накладної з помилками спричиняє розбіжності між даними Єдиного реєстру та реєстру виданих податкових накладних платника податку -- продавця. Ці розбіжності є податковою інформацією, що свідчить про можливі порушення платником податків податкового законодавства, контроль за дотриманням якого покладено на органи податкової служби. Ненадання пояснення щодо суті таких розбіжностей та документального підтвердження своїх пояснень на обов'язковий письмовий запит органу ДПС протягом 10 робочих днів з дня отримання запиту є однією з обставин, за наявності якої здійснюється документальна позапланова перевірка платника податку (пп. 78.1.1 ст. 78 ПКУ).