При складанні податкової накладної філією чи структурним підрозділом платника податку порядковий номер податкової накладної встановлюється з урахуванням присвоєного числового номера і визначається числовим значенням через дріб. У чисельнику порядкового номера податкової накладної проставляється порядковий номер, а в знаменнику - числовий номер філії чи структурного підрозділу.
Платники податку на додану вартість складають окремі податкові накладні за видами діяльності, що передбачають спеціальний режим оподаткування, та зазначають у порядковому номері накладної після знака дробу перед номером філії чи структурного підрозділу код відповідної діяльності.
У графі 1 розділу І «Видані податкові накладні» Реєстру записується порядковий номер податкової накладної (порядковий номер податкової накладної відповідає порядковому номеру запису в Реєстрі), розрахунку коригування кількісних і вартісних показників до податкової накладної (додаток 2 до податкової накладної). При цьому, нумерація записів здійснюється зручним для платника податку способом або з першого номера кожного звітного податкового періоду (щомісяця, щокварталу) або наростаючим підсумком з початку року.
У графі 3 розділу І «Видані податкові накладні» Реєстру вказується порядковий номер податкової накладної, що відповідає номеру з графи 1, номер розрахунку коригування кількісних і вартісних показників до податкової накладної (додаток 2 до податкової накладної) .
Тобто, платник податку при виписуванні податкової накладної повинен присвоїти їй номер відповідно до порядкового номеру запису в Реєстрі, при цьому нумерація записів в Реєстрі здійснюється зручним для платника податку способом або з першого номера кожного звітного податкового періоду (щомісячно, щокварталу), або наростаючим підсумком з початку року та не повинна змінюватись до кінця року.