Згідно із статтею 201 Податкового кодексу України податкова накладна є податковим документом і одночасно відображається у податкових зобов’язаннях і Реєстрі виданих податкових накладних продавця та Реєстрі отриманих податкових накладних покупця.
Порядок ведення Реєстру виданих та отриманих податкових накладних затверджений наказом Міністерства фінансів України від 17.12.2012 №1340, в якому цілий V розділ присвячений питанню виправлення помилок. Зазначеним Порядком передбачено, що в періоді виявлення помилки неправильний запис в Реєстрі здійснюється методом „сторно”, тобто до Реєстру одночасно вноситься два записи: помилковий запис із знаком „-” і правильний запис із знаком „+”. Тобто в періоді виявлення помилки платником податку в Реєстрі слід продублювати реєстрацію помилкової податкової накладної, включаючи порядковий номер, а в графах, де вказані суми, дані відобразити із знаком „-”, щоб даний запис видалити. Щоб додати правильні дані в Реєстрі дублюємо дані податкової накладної з тими ж реквізитами, і ставимо правильні суми зі знаком „+” (у разі ж коли рядок просто видаляється, то новий запис проводити непотрібно).
При цьому, якщо виправлення помилки потребує подання платником податку уточнюючого розрахунку, то до виду нового правильно виписаного документа додається літера „У”. Зазначений документ реєструється в розділах 1 або ІІ Реєстру, за місяць у якому виявлено помилку, у вищезазначеному порядку із знаком „+”. Крім того, запис щодо включення показників такого документа до уточнюючого розрахунку зазначається у рядку „З них включено до уточнюючих розрахунків за звітний період” цього ж Реєстру.
У разі подання до органу Міндоходів уточнюючого розрахунку з ПДВ, подання уточнюючого Реєстру виданих та отриманих податкових накладних не передбачено.
Вилучення неправильно виписаної податкової накладної з Єдиного реєстру податкових накладних діючим законодавством не передбачено. Наявність помилкової податкової накладної в Єдиному реєстрі спричиняє розбіжності між даними Єдиного реєстру та Реєстру виданих податкових накладних платника податку — продавця. Ці розбіжності є податковою інформацією, що свідчить про можливі порушення платником податків податкового законодавства, контроль за дотриманням якого покладено на органи Міндоходів. Якщо платник не надасть документальні підтвердження розбіжностей на обов’язковий письмовий запит органу Міндоходів протягом 10 днів з дня отримання запиту, це є однією з обставин для проведення документальної позапланової перевірки платника податку.