Якщо платник податків зареєстрував у Єдиному реєстрі податкову накладну з невірними даними, то він має право повторно зареєструвати таку податкову накладну із зазначенням у ній правильних показників. При цьому, податкову накладну необхідно відобразити у деклараціях контрагентів.
Водночас наявність в Єдиному реєстрі податкової накладної з помилками спричиняє розбіжності між даними Єдиного реєстру та реєстру виданих податкових накладних платника податку – продавця. Ці розбіжності є податковою інформацією, що свідчить про можливі порушення платником податкового законодавства, контроль за дотриманням якого покладено на органи Міндоходів. Якщо платник не надасть пояснення щодо суті таких розбіжностей та документальні підтвердження своїх пояснень на обов’язковий письмовий запит органу Міндоходів протягом 10 робочих днів з дня отримання запиту, це є однією з обставин, за наявності якої проводять документальну позапланову перевірку платника податку (п.п. 78.1.1 п. 78.1 ст. 78 Податкового кодексу України).