Фактичною вважається перевірка, яка здійснюється за місцем фактичного провадження платником податків діяльності, розташування господарських або інших об’єктів права власності такого платника. Така перевірка здійснюється органом Міндоходів з питань дотримання порядку здійснення розрахункових операцій, ведення касових операцій, наявності ліцензій, патентів, свідоцтв, виробництва та обігу підакцизних товарів, дотримання роботодавцем законодавства щодо укладення трудового договору, оформлення трудових відносин з працівниками.
Фактична перевірка здійснюється без попередження платника податків (особи).
Розпочати фактичну перевірку мають право посадові особи органів Міндоходів за умови пред’явлення або надіслання (в окремих випадках) таких документів:
- направлення на проведення такої перевірки, в якому зазначаються дата видачі, найменування контролюючого органу, реквізити наказу про проведення відповідної перевірки, найменування та реквізити суб’єкта (прізвище, ім’я, по батькові фізичної особи — платника податку, який перевіряється) або об’єкта, перевірка якого проводиться, мета, вид (документальна планова/позапланова або фактична), підстави, дата початку і тривалість перевірки, посада та прізвище посадової (службової) особи, яка проводитиме перевірку. Направлення на перевірку в такому випадку є дійсним за наявності підпису керівника контролюючого органу або його заступника, що скріплений печаткою контролюючого органу;
- копії наказу про проведення перевірки;
- службового посвідчення осіб, зазначених у направленні на проведення перевірки.
Слід врахувати, що фактична перевірка проводиться двома і більше посадовими особами контролюючого органу у присутності посадових осіб суб’єкта, що перевіряється, або особи, що фактично здійснює розрахункові операції.
Направлення на перевірку складається окремо на кожний об’єкт перевірки, зазначений в наказі, а також окремо на кожного перевіряючого.
Непред'явлення або ненадіслання платнику податків (його посадовим особам або особам, які фактично проводять розрахункові операції) цих документів або пред'явлення зазначених документів, що оформлені з порушенням вимог, є підставою для недопущення посадових осіб контролюючого органу до проведення фактичної перевірки.
У випадку відмови платника податків (його посадових (службових) осіб, представників або осіб, які фактично проводять розрахункові операції) у допуску до проведення перевірки складається акт, який засвідчує факт відмови.
Відповідно до статті 94 Податкового кодексу України контролюючим органам надано право застосовувати адміністративний арешт майна платника податків у разі його відмови від проведення документальної перевірки за наявності законних підстав для її проведення або від допуску посадових осіб контролюючого органу.