Закон передбачає здійснення контролю безпосередньо Міністерством доходів і зборів України за контрольованими операціями щодо відповідності цін в операціях між пов'язаними особами рівню ринкових цін, тобто будуть контролюватися принципи трансфертного ціноутворення.
Контроль за трансфертним ціноутворенням здійснюватиметься при проведенні контрольованих операцій, обсяг яких з кожним контрагентом становить понад 50 млн. грн. на рік: між пов'язаними особами; між особами, хоча б одна з яких зареєстрована на території іншої країни, ставка податку на прибуток (корпоративний податок) в якій на 5 і більше відсоткових пунктів менше, ніж в Україні.
В новій редакції викладено статтю 39 ПКУ, яка з 01 вересня 2013 року буде діяти в новій редакції і з новою назвою «Трансфертне ціноутворення». Норми нової статті 39 застосовуватимуться тільки при визначенні бази оподаткування в контрольованих операціях для цілей розділу III ПКУ «Податок на прибуток підприємств» та розділу V «Податок на додану вартість».
Для звичайних платників податків, які не проводять контрольованих операцій, звичайна ціна визначатиметься відповідно до підпункту 14.1.71 статті 14 ПКУ, тобто звичайна ціна - ціна товарів (робіт, послуг), визначена сторонами договору, якщо інше не встановлено цим Кодексом. Якщо не доведено зворотне, вважається, що така звичайна ціна відповідає рівню ринкових цін.
Визначення пов’язаних осіб у ПКУ застосовується лише для цілей трансфертного ціноутворення.
Що стосується оподаткування податком на прибуток, то з 1 вересня 2013 не підпадають під дію застосування звичайної ціни операції з резидентами, які не є платниками податку на прибуток або є платниками за іншими ставками, якщо вони не беруть участь у контрольованих операціях. Не передбачено застосування 20-ти відсоткового інтервалу для ненарахування податкових зобов’язань контролюючими органами, якщо ціна операції відрізняється від звичайної ціни.
При формуванні податкових зобов’язань з ПДВ база оподаткування з 1 вересня 2013 року визначається виходячи із звичайних цін тільки у випадку здійснення контрольованих операцій.
Для контролю за трансфертним ціноутворенням будуть використовуватися 5 методів визначення звичайної ціни: порівняльної неконтрольованої ціни (аналогів продажу); ціни перепродажу; «витрати плюс»; чистого прибутку; розподілу прибутку.
Платники податків, які здійснюють вищезазначені контрольовані операції, щорічно до 1 травня року, наступного за звітним, зобов’язані надати до Міністерства доходів і зборів України в електронному вигляді (з електронними підписами та печатками) звіт про контрольовані операції, здійснені у минулому році. Тобто, звіт про здійснювані контрольовані операції за період з 1 вересня по 31 грудня 2013 року слід буде подати до 1 травня 2014 року.
З 1 вересня 2013 року до 1 вересня 2014 року за неправильне визначення податкових зобов’язань у контрольованих операціях буде застосовуватися відповідальність в розмірі 1 гривня.
В той же час, за неподання платником податків звіту або обов'язкової документації про проведені ним контрольовані операції протягом року передбачена відповідальність у розмірі 5% загальної суми контрольованих операцій (п. 120.3 ст. 120 ПКУ).